清光绪二十八年（西元1920），张百熙奏订学堂章程，分大学为大学院、大学专门分科、大学预备科三部。大学院收分科大学毕业生，修业年限无定。重研究，不重讲授，不立课程。
民国十六年，国民政府设大学院于南京，为统辖全国教育行政及学术研究的最高机关。十七年改称为「教育部」。